在分子生物學和基因組時代，葉綠體基因組為植物分類、系統發育和物種鑒定等提供了不可或缺的遺傳信息。隨著新一代測序技術的快速發展，葉綠體基因組學已經成為植物系統基因組學和超級條形碼研究的熱點，也是中國科學院昆明植物研究所三個重大突破目標—iFlora研究的重要內容。

　　昆明植物所種質資源庫多年來致力于葉綠體基因組學研究。2012年研究所啟動iFlora研究工作以來，該庫分子生物學實驗中心與分子植物地理學研究組等通力合作，利用二代測序技術研究了蘭屬和山茶屬的葉綠體比較基因組學。在此基礎上，利用GenBank現有被子植物葉綠體基因組數據自主設計了一套新穎的通用引物，結合長片段PCR和二代測序技術，從少量總DNA中快速獲取被子植物葉綠體基因組。這一技術體系解決了葉綠體基因組獲取方法需要大量新鮮材料的難題，顯著節省了研究材料采集所需的人力，尤其是解決了一些物種因個體微小而難于獲得大量新鮮材料通過二代測序方法獲取葉綠體基因組的難題。該體系將葉綠體基因組測序通量提高了5-10倍，極大地降低了測序成本，為被子植物葉綠體基因組學研究開辟了嶄新的途徑。該項研究進一步揭示基于葉綠體基因組的系統發育基因組學是解決植物系統發育的有效手段，基于“細胞器條形碼”的葉綠體基因組超級條形碼對于解決快速分化的近緣物種鑒定具有重要作用。相關研究結果相繼發表在BMCEvolutionaryBiology、PLoSONE和MolecularEcologyResources上。

　　該研究得到了國家“863”計劃（2012AA021801）、國家自然科學基金項目（31170182,30870169,31161140350,31260487）、中國科學院儀器設備功能開發技術創新項目實施方案項目、中國科學院大科學裝置開放研究項目（2009-LSFGBOWS-01）和云南省自然科學基金項目（2010CD108）的支持。